Seit den Eiszeiten schleppte die Linth Geschiebe aus dem Glarnerland in die Ebene zwischen Kerenzerberg und Buechberg. Durch die laufende Auffüllung eines einst bestehenden Flachsees und der damit einhergehenden Verlängerung des Flusslaufes hatte die Linth immer mehr Mühe, ihr Geschiebe bis in den Zürichsee zu bringen. Dies führte zu Ablagerungen im Flussbett, Überschwemmungen und Versumpfungen. Der Fluss konnte sein Bett frei ändern, in den alten Flussläufen blieb Wasser stehen, wodurch Altwasser entstanden.

Die für die Menschen segensreiche Korrektion der Linth setzte aber dieser ursprünglichen, natürlichen Auendynamik ein Ende. Heute präsentiert sich die Linth als gezämter Fluss. Ihm fehlt die Kraft, um das Bett zu ändern oder beträchtliche Geschiebemengen in den See zu transportieren. Der urtümliche, vom Menschen nicht oder kaum genutzte Bereich wurde immer kleiner, bis er auf einige kleine Stellen im Mündungsgebiet zusammengeschrumpft war. Dadurch verloren viele Pflanzen- und Tierarten ihren natürlichen Lebensraum.

Die Bätzimatt in ihrem heutigen Zustand ist vor allem für seltene Amphibienarten von ausserordentlichem Wert. Als Teil des Linth-Deltas bildet sie zudem mit der wertvollen Schmerkner Allmeind eine ökologische Einheit. Es bestehen Wechselbeziehungen zwischen den verschiedenen Riedgebieten am oberen Zürichsee. Für die Zugvögel führen wichtige Zugstrassen über den Ricken, sowie über den Walensee ins Rheintal oder den Voralpen entlang nach Westen. Für sie ist die Linthmündung ein bedeutender Rastplatz. 

Die Bätzimatt ist verschiedentlich dem Naturschutz unterstellt: So beherbergt sie das Amphibienlaichgebiet SZ 152 von nationaler Bedeutung, das Wasser- und Zugvogelreservat 105 von nationaler Bedeutung und das Flachmoor 196 von nationaler Bedeutung. Die Bätzimatt liegt zudem im BLN-Gebiet 1406 (Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler von nationaler Bedeutung).